员工擅自离职后起诉公司，公司需警惕以下法律风险点：
1. **诉讼时效风险**：劳动争议仲裁时效为一年。若员工擅自离职超一年才仲裁起诉，公司可主张时效抗辩（例如：2023年1月离职，2024年3月因工资争议起诉，公司可提出时效已过）。若公司未提出抗辩，可能需对超时效争议进行实体处理。
2. **证据链风险**：公司若缺失证明员工擅自离职的关键证据（如劳动合同、考勤记录），可能承担举证不能后果。例如：员工起诉公司未支付工资，公司主张以擅自离职抵扣工资但无法提供证据，法院可能支持员工诉求。
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员工擅自离职后起诉公司，处理中可能存在特殊情形影响结果：
1. **公司存在严重违法情形**：若公司恶意拖欠工资、未缴社保等，员工擅自离职后起诉，可能无需严格遵循先仲裁后诉讼程序，或在诉讼中更易获支持。公司不仅面临员工诉求，还可能被劳动行政部门处罚，处理难度和成本增加。
2. **员工离职致公司重大损失**：若员工擅自离职导致项目延误、商业秘密泄露等重大损失，公司可在诉讼中提起反诉索赔。此时案件转为双方互有诉求，焦点集中在损失认定，延长处理时间并增加复杂性。
3. **争议涉及商业秘密**：若争议涉及商业秘密（如员工主张权益、公司指控泄密），需审查商业秘密范围、侵权行为等，需收集专业证据并可能依赖鉴定机构，影响审理进度和结果。
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员工擅自离职后起诉公司，公司处理时需避免以下错误操作：
1. **忽视仲裁前置程序**：部分公司收到起诉材料后未核实是否经仲裁直接应诉。劳动争议实行仲裁前置，员工起诉前必须先仲裁，公司忽视可能导致程序被动。
2. **证据收集不及时全面**：公司未及时收集考勤记录、沟通记录等离职证据，或保管不善劳动合同、规章制度等文件。诉讼中证据是关键，缺失或不完整会难以反驳员工主张，承担不利后果。
3. **消极应对诉讼**：部分公司因员工“理亏”而轻视起诉，不按时提交答辩状、不出庭。这可能导致法院缺席判决，直接支持员工合理诉求，造成不必要损失。

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员工擅自离职后起诉公司的劳动争议处理程序，法律依据主要在《劳动争议调解仲裁法》：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》（2007年）第五条明确：“发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或达成和解后不履行的，可向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或达成调解协议后不履行的，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定外，可向人民法院提起诉讼。”
员工擅自离职与公司的争议属于劳动争议，根据该条规定，劳动仲裁是诉讼的前置程序。即员工起诉前必须先申请仲裁，对仲裁裁决不服才能起诉。若员工未仲裁直接起诉，公司可依法抗辩。

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